Pracovné komisie sú skupiny rektorov - členov SRK, ktorí sa vybranou oblasťou bližšie zaoberajú a ktorí pripravujú pre SRK podklady alebo primárne stanoviská ako podklady pre uznesenia SRK..

SRK si ustanovila tieto komisie:

• Pracovná komisia SRK pre ekonomické záležitosti
• Pracovná komisia SRK pre riadenie ďalšej prevádzky FIS na verejných vysokých školách
• Pracovná komisia SRK pre výskum
• Pracovná komisia SRK pre vzdelávanie
• Právna pracovná komisia SRK
• Pracovná komisia SRK pre šport
• Volebná/mandátová komisia SRK